Деньги можно вернуть или зачесть в счёт уплаты иных налогов, сборов или страховых взносов

Для этого нужно подать заявление в ФНС через личный кабинет (https://lkfl2.nalog.ru/) налогоплательщика или в электронном виде через ТКС

Можно ничего не делать, деньги будут учтены налоговым органом самостоятельно в счёт исполнения обязанности УСНО при наступлении новых сроков уплаты

Форма заявления о возврате (http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_214167/67dfe97f475a4ff2cc1a43b5482db688b6bf1bc8/)
Форма заявления о зачете (http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_214167/822736dd0b3ca10313c836fb4def9e31fa6f81e6/)